双方可以协商一致，到民政局办理协议离婚；也可以由一方到起诉离婚。如果能证明双方因感情不合分居满两年，一般会判决离婚。
根据《民法典》的规定，分居两年的，人民审理离婚案件，应当进行调解;如感情确已破裂，调解无效，应准予离婚。
《民法典》第一千零七十六条  夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。
离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。
分居两年后是否是自动离婚
分居两年后不是自动离婚，离婚只能是夫妻双方协议离婚，或者一方向人民起诉离婚，夫妻因感情不和分居满二年，感情确已破裂调解无效的才会准予离婚。
分居两年离婚
法律是没有规定，不论分居多长时间，如果双方都不提出离婚，婚姻不会自动解除的。如果起诉到离婚，分居满2年，会支持离婚。双方感情破裂，可以直接办理离婚手续，如果双方对财产分割、子女抚养等达不成一致意见的，可起诉到离婚。在诉讼中，如果调解不成，应当判决准予但是非因感情不和而分居的，不能适用该项规定。
《民法典》第一千零七十九条 【诉讼离婚】夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民提起离婚诉讼。
人民审理离婚案件，应当进行调解;如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
(一)重婚或者与他人同居;
(二)实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员;
(三)有、吸毒等恶习屡教不改;
(四)因感情不和分居满二年;
(五)其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予
法律依据 该内容由 梁广宙律师 和 律说律答 共创回答